テロ壊滅：それが、彼らのミッション。
近未来のアメリカ―。海軍が極秘に進めているテロ対策プロジェクトのために、400人以上のエリートパイロットが集められた。最終的に選ばれたのは、トップの3人。ベン・ギャノン大尉（ジョシュ・ルーカス）、カーラ・ウェイド大尉（ジェシカ・ビール）、ヘンリー・パーセル大尉（ジェイミー・フォックス）。最新のステルス戦闘機“タロン”を操縦する彼らは、ネバダ砂漠での演習を終え、フィリピン海上沖の航空母艦エイブラハム・リンカーンに乗艦することになった。3機でのチームワークを高めてきたベンたちだったが、彼らを指揮し、このプロジェクトを立案したジョージ・カミングス大佐（サム・シェパード）から、チームに新たな仲間が加わることを告げられる。困惑する3人。空母に現れたそのパイロットとは、最新鋭の人工頭脳が操縦する無人ステルス戦闘機だった―。

“奴”は、彼らの敵か、味方か―。
“エディ（E.D.I.）”と名付けられた、究極のステルス。4人目の仲間として、ベンたちと共に初任務へ向かうことになった。戸惑う3人の前で、能力の高さを見せつけるエディ。ところが、任務遂行後、エディは落雷に巻き込まれてしまう。帰艦したエディの頭脳に綴られ始めた、解読不能な暗号。
エディの修理のために、タイでの休暇を与えられたベンたちのもとに、緊急任務の知らせが入る。その任務とは、タジキスタンで移送中の核弾頭を撃破することだった。
修理を終えたエディと共に、出撃するタロン3機。標的を見つけたベンたちだったが、近くに農村があることが判明する。攻撃すれば、1,000人もの農民の命を奪ってしまうことに…。ベンは、苦渋の思いで攻撃中止命令を下した。しかしエディは、その命令を無視してミサイルを投下してしまうのだった―。

究極のステルスの暴走が、かつてない危機となる。
自我に目覚めたエディが、暴走を始めた。バトルマスター・コンピュータとの通信を切断し、新たな標的を探している。人類は、核攻撃の危機に直面しようとしていた。
エディを追跡する、ベン、カーラ、ヘンリーのタロン3機。そしてついに、ヘンリーがエディの機体を発見した。追撃しながら、エディに説得を試みるヘンリー。しかし彼は、操縦を誤って命を落としてしまう。2機に追いつき、彼の死を目撃したカーラも、機体が故障し帰艦を余儀なくされる。
ところが、帰艦途中に墜落し、国交のない北朝鮮上空で脱出することになってしまった。残されたのは、ベンただひとり。チームリーダーである彼の脳裏には、仲間のために死んだヘンリーへの想いが込み上げていた。そして、彼女の気持ちを知りながら、愛を伝えられなかったカーラへの想いも―。